Toprağın verimliliğine içindeki bakteriler, mantarlar, aktinomisetler, yosunlar (alg) ve protozoalar önemli derecede tesir ederler. Canlı miktarı katî bir ölçü olmamakla birlikte mikroorganizma muhtevası fazla olan toprakların umûmiyetle daha verimli olduğu bilinmektedir.
Mikroorganizmalar toprağı geliştirmek için ilave
edilen yeşil gübre (toprak besleyici bitkilerin artıkları), hayvan gübresi ve bitki artıklarını parçalarlar. Bu maddelerin içindeki karbonhidratlar, bakteriler, mantarlar (küfler) ve aktinomisetlerin gıdası durumundadır. Bunlar ise büyümek için toprakta nitrat ve amonyak içindeki azotu kullanır. Böyle bir durumda bitkiler için gerekli azotun bir kısmı, mikroorganizma tarafından harcandığından azot harcayan türün az olması uygundur.
Nitratlar çözünürlükleri sebebiyle topraktan yağış sularıyla uzaklaşır. Bunun için kompost (hayvan gübresi,
bitki artığı ve kireçtaşı karışımı) ve sun'î nitrat, fosfat ve sülfatlı gübrelerle toprağın desteklenmesi verime müspet yönde tesir eder.